IE的收藏夹的排列顺序是保持在注册表中的，位置如下：

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MenuOrder\Favorites

里面按照您收藏夹的分组分别建立了几个子文件夹，每个文件夹下面有个Order项，保存了二进制存储的收藏夹项顺序。

关于桌面图标的位置和顺序，你试一下这几个位置：

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Streams\Desktop\ViewView2

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Description\Microsoft\Rpc\UuidPersistentData\LastTimeAllocated

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags\1\Desktop

本文出处：http://answers.microsoft.com/zh-hans/ie/forum/ie8-windows_other/%E6%9C%89%E5%93%AA%E4%BD%8D%E7%9F%A5%E9%81%93ie8/49c81dd3-5682-4c3a-80d5-b94aba9a43b3